鉴定蛋白的GO注释 GO(Gene Ontology)是一套国际标准化的基因功能描述的分类系统。GO分为三大类ontology:生物过程(Biological Process)、分子功能(Molecular Function)和细胞组分(Cellular Component),分别用来描述基因编码的产物所参与的生物过程、所具有的分子功能及所处的细胞环境。GO的基本单元是term,每个term有一个唯一的标示符(由“GO:”加上7个数字组成,例如GO:0072669);每类ontology的term通过它们之间的联系(is_a, part_of, regulate)构成一个有向无环的拓扑结构。详见http://www.geneontology.org/。利用interproscan-5进行蛋白的GO注释,涉及到的数据库有Pfam,PRINTS,ProDom,SMART,ProSiteProfiles,PANTHER。 结果文件展示: 1.GO.anno.xls GO注释的结果,以鉴定蛋白为基础展示注释的条目信息 2.GO.anno.go2protein.xls GO注释的整理结果,以GO注释条目为基础统计相应条目的蛋白数 3.GO.anno.{pdf,png}} GO注释结果的展示图,其中pdf为高清图 =========================================================================== 表头说明: 1.GO.anno.xls Protein 蛋白编号 Description 对应的蛋白描述 Gene 对应的基因编号 GO_NUM 蛋白比对到的GO条目数 GO_Description 所有GO条目的详细描述 2.GO.anno.go2protein.xls GO_id GO条目的编号 GO_class GO条目所属类别 GO_description GO条目的详细描述 Protein_nums 对应到该条目的蛋白个数 Proteins 对应到该条目的蛋白编号 Description 对应的蛋白描述,逗号隔开,与上一列一一对应